Secara umumnya sukatan pelajaran di MTAUQ adalah sama dengan sukatan pelajaran di kebanyakan Maahad Tahfiz Al-Quran di Malaysia iaitu pengajian Al-Quran sepenuh masa, namun begitu pembelajaran Fardhu Ain tidak diabaikan bagi mengimbangi antara Al-Quran dan tuntutan-tuntutan lain.
Di masa akan datang, MTAUQ akan memasukkan pembelajaran akademik secara berperingkat agar pelajar MTAUQ dapat memenuhi tuntutan Fardhu Kifayah dan mampu bersaing di peringkat global yang mencabar dan memerlukan pengetahuan dalam pelbagai bidang.
Pengajian Qismu Al-Quran 6 Peringkat
- Pra Naziroh : Mengenal huruf tidak melebihi 6 bulan
- Naziroh : Membetulkan bacaan dari sudut makhraj huruf dan Tajwid dalam tempoh 6 bulan
- Hafizoh : Menghafaz 30 juzuk Al-Quran dalam tempoh 3 tahun
- Mengulang : Memantapkan hafalan dalam tempoh 1 - 2 tahun
- Syahadah : Menduduki ujian syahadah membaca dan menghafaz Al-Quran 30 juzuk di MTAUQ yang diiktiraf oleh Jabatan Agama Islam Kedah
- Menyambung ke pusat pengajian tinggi Agama khususnya dalam bidang Al-Quran di dalam atau luar negara
- Al-Quran - Tajwid, Tafsir dan Tarannum
- Ulum Syariah - Hadith, Tauhid dan Feqah
- Akhlak - Adab, Amalan Sunnah dalam kehidupan
- Pelajar perempuan berumur 10 tahun dan tidak melebihi 15 tahun
- Lancar membaca Al-Quran dan tulisan jawi
- Pelajar yang telah lulus ujian di peringkat Nazirah / Pra-Hafaz tidak melebihi 6 bulan dan mampu menghafal beberapa surah yang ditetapkan, akan layak memasuki kelas Hafiz selama 3 tahun
